围绕黄河不同河段可能涉及到的包括水生态保护、水资源保护、防洪（防凌）减淤、供水灌溉、岸线利用等主要任务，统筹考虑维持黄河健康生命和支持流域及相关地区经济社会发展的需求以及相互影响和制约，本着“概念明晰、相互独立、全面与重点结合、便于操作”等基本原则，筛选出12项可量化控制性指标。控制性指标由指标名称和指标数值组成，其指标数值一般以上限、下限或一定限制范围的数值来表示。分析确定现状（规划基准年）和规划水平年（近期2020年、远期2030年）控制性指标的数值，作为制定不同河段规划方案和对此进行综合管理的定量控制指标。
　　
　　平滩流量：表征河道主槽的行洪输沙能力，指在水流不漫滩时河道主槽可以通过的最大流量。主要针对黄河下游河段。平滩流量是与主槽横断面面积、主槽深度、主槽纵坡降和边壁糙率等有关的一个综合指标。
　　
　　“红线”、“底线”设置与限制性条件或约束条件最终反映在规划报告相应的章节中。
　　
　　1.3流域管理能力建设
　　
　　本次规划增加了流域综合管理规划的内容。
　　
　　黄河治理开发与管理是一项复杂庞大的系统工程，既要综合解决矛盾特殊的水事问题，又要统筹协调流域与区域之间的管理关系，以及流域内有关各方之间的利益分配关系。为此，黄河治理开发与管理要建立完善流域与区域管理相结合的管理体制及运行机制，健全以《黄河法》为核心的黄河政策法规，增强流域执法能力、监督能力、信息发布能力，积极推进流域统一规划、统一管理、统一调度。
　　
　　管理体制要建立流域管理与行政区域管理相结合的体制，管理能力加强，建立流域生态补偿机制，滩区政策与立法。
　　
　　2.流域综合规划中的难点
　　
　　2.1滩区治理模式研究
　　
　　为了保障黄河下游滩区人民生命财产安全，国家安排部分资金进行了滩区安全建设。根据以往成功经验和教训，黄河下游滩区安全建设工程措施包括三种方式，即外迁安置、滩内就地就近安置、临时撤离。滩内的避水工程投资主要靠群众负担，国家适当补助，外迁安置国家也给予部分补助，但总体规模都较小。截至2007年底，黄河下游滩区总人口189.5万人，其中已有1027个村（镇）、88.9万人有了避水设施，还有901个村（镇）、100.6万人没有避水设施。滩区现有避水村台面积8425.08万m2，道路1304.4km。
　　
　　目前滩区存在的突出问题：一是部分河段河道槽高、滩低、堤根洼，滩唇一般高于黄河大堤临河地面3m左右，最大达4～5m，“二级悬河”发育，河道横比降远大于纵比降，威胁滩区安全。二是黄河下游滩区居民多，长期以来滩区安全建设投入少，进度缓慢，安全建设严重滞后，安全建设任务非常巨大。三是滩区洪灾风险大，自救能力差，而较大基础设施难以决策建设，发展速度与潜力很小，经济发展和群众生活水平低，已形成了沿黄的贫困带。四是淹没补偿政策缺位，滩区群众修筑生产堤以减少淹没损失，而生产堤阻碍了滩槽水沙交换条件，加剧了“二级悬河”的发育，是滩区经济社会发展与治河矛盾突出的根源。
　　
　　“黄河流域综合规划报告（初稿）”提出多个拟定方案比较分析后规划推荐滩区治理采用逐步废除生产堤方案。
　　
　　齐璞教授在“黄河下游滩区治理的最佳方案”提出了自己的建议：经过多年的研究，黄河大洪水发生的机会大幅度减少，部分河道经过双岸整治，形成稳定的窄深河槽，小浪底水库的运用将泥沙调节到洪水期输送，可以控制主槽不抬高。主槽过流能力增大了，漫滩机会减少了，“由窄河发展到窄槽宽滩，即窄槽用于排洪输沙，宽滩用于较大洪水时滞洪削峰”，滩区问题才能得到合理的解决。
　　
　　水利部副部长胡四一认为，滩区和滞洪区特殊地理位置和生产生活环境的恶劣，严重制约了地区经济的发展和人民群众生活水平的提高。希望各级各有关部门在积极争取国家对滩区实行补偿政策、加大对滩区和滞洪区投入力度的同时，积极汲取近年来滩区治理的一些成功经验，积极探索一条适应滩区群众生产发展的途径，使他们尽快脱贫致富。
　　
　　2.2黑山峡河段开发方案论证
　　
　　黄河黑山峡河段开发有高坝与低坝多级开发的不同方案。
　　
　　1992年水利部上报国务院的《黄河黑山峡河段开发方案论证报告》和1997年完成的《黄河治理开发规划纲要》，推荐黑山峡河段开发采用大柳树高坝一级开发方案。近年来，甘肃省从尽量减少水库淹没损失、减轻移民安置难度的角度出发，又提出黑山峡河段采用红山峡、五佛、小观音和大柳树低坝四级径流式开发的方案，并以甘政函[2005]10号文报送国家发改委和水利部。
　　
　　黑山峡河段的开发任务以反调节、协调水沙关系和防凌（防洪）为主，兼顾供水、发电，全河水资源合理配置，综合利用。
　　
　　由于龙羊峡刘家峡水库距离远，无法满足凌汛多发河段宁蒙河段的防凌与河道冲沙减淤，同时也应考虑未来南水北调西线调水蓄水的需要，为将来甘肃宁夏内蒙古三省区再造河套与治理荒漠化提供了可能，所以黑山峡河段开发要着眼全局和长远公益性利益。
　　
　　2.3西线南水北调可行性研究
　　
　　南水北调西线工程从长江上游干支流调水进入黄河上游，是补充黄河水资源不足、解决黄河流域乃至西北地区干旱缺水问题的重大战略措施，是“四横三纵”总体布局的重要组成部分。
　　
　　南水北调西线工程的供水范围覆盖黄河全流域及邻近的河西内陆河地区，其作用主要是缓解黄河水资源紧缺的严峻局面，为黄河上中游部分地区和相邻石羊河下游的生态建设提供水资源保障，遏制生态环境严重退化的趋势。
　　
　　根据2002年12月国务院批复的《南水北调工程总体规划》，南水北调西线工程规划在长江上游通天河、支流雅砻江和大渡河上游筑坝建库，开凿输水隧洞穿过长江与黄河的分水岭巴颜喀拉山，调水进入黄河上游。
　　
　　根据项目建议书成果，南水北调西线一期工程从雅砻江上游甘孜以上地区、雅砻江支流鲜水河的达曲和泥曲、大渡河西源绰斯甲河的色曲和杜柯河、大渡河东源足木足河的玛柯河和阿柯河直接调水到黄河干流。线路全长325.5km，隧洞段长320.9km，调水规模为80亿m3。调入水量与黄河自身水资源统一配置和管理，可全面缓解黄河水资源供需矛盾，促进流域经济社会可持续发展，保障流域乃至全国供水安全、能源安全、粮食安全和生态安全均具有重要作用。
　　
　　3.流域综合规划中的亮点
　　
　　3.1控制性指标和限制性条件
　　
　　黄河控制性指标和限制性条件是流域综合规划修编的亮点，也是与历次规划不同之处，即所谓本次规划的创新点。
　　
　　水利部部长陈雷要求实行最严格的水资源管理制度。这一制度核心是建立水资源管理三条“红线”：即水资源开发利用红线，严格实行用水总量控制；用水效率红线，坚决遏制用水浪费；水功能区限制纳污红线，严格控制入河排污总量。
　　
　　水利部矫勇副部长在2007年7月18日召开的“流域综合规划修编部际联席会议第一次全体会议”上所讲：控制性指标的确定，是本次规划修编的新内容。因此，在划定时可能不是很准确，底线可能是一个数据，可能是一个范围，也可能是一个概念，可能会有不同意见。但要从流域生态修复与环境保护的高度出发，对存有争议的流域治理、开发和保护的控制性指标从严控制，待今后认识统一后再作调整。