一、对锅炉的影响
脱硫系统在正常运行时，不会对锅炉产生影响。只有在脱硫系统故障解列时，以及脱硫系统启停时，会对锅炉产生影响。
1.一炉一塔，脱硫系统单设增压风机:
在锅炉正常运行，脱硫系统启动时，旁路挡板要与脱硫增压风机配合着逐渐关闭，否则会对锅炉内的负压产生冲击，影响锅炉的正常运行。
在锅炉正常运行，脱硫系统解列时，旁路挡板要快速打开，否则也会对锅炉内的负压产生冲击，影响锅炉的正常运行。
2.一炉一塔，脱硫与锅炉合用一台风机
这种系统设置的方式可降低造价和减少场地的占有量，但会给锅炉的安全运行带来影响。因为在锅炉运行时，若脱硫系统出现故障解列时，旁路挡板会很快打开，此时系统阻力突然降低，炉堂内的负压随之增高，有可能造成锅炉灭火。
3.两炉一塔，并且共用一台增压风机
采用此种方法的优点是明显的，即降低造价和减少场地的占有量。但此种方式也给脱硫装置的安全经济运行带来了很大的危害。
(1)当一台炉停运，另一台通烟时，装置只处理了50的烟气量，这是很不经济的。
(2)当只有一台炉运行，且正在调峰时，脱硫装置的运行极不稳定，烟道负压大幅度波动，这给锅炉的安全运行埋下了隐患。

二、尾部烟道和烟囱的影响
对烟道和烟囱的影响主要是指老机组添加的脱硫装置。老机组的烟道和烟囱一般都没有进行防腐；即使做了防腐，也仅仅是针对原来的高温烟气条件下的防腐，而不能适应脱硫后的低温、高湿烟气。因此对于老机组改造加装脱硫装置的要采取以下措施：
a)老机组加装脱硫装置时，必须设烟气换热器，使脱硫后的烟气温度达到80℃以上。
b)对原有烟道进行改造，做防腐处理。
c)加装湿烟囱。
三、对工业水系统、厂用电系统的影响
脱硫用水对水质无特殊要求，采用电厂循环水排污水即可。若脱硫石膏考虑综合利用，则石膏冲洗水中Cl-含量要尽量少（保证石膏脱水后Cl-含量≤100ppm）。因此，对工业水系统影响不大。
已建电厂加装烟气脱硫装置时，如果高压厂用工作变有足够备用容量，且原有高压厂用开关设备的短路动热稳定值及电动机启动的电压水平均满足要求时，脱硫高压工作电源应从高压厂用工作母线引接，否则应设高压变压器。
四、石膏与冲灰水混排
当脱硫装置采用石膏浆液抛弃系统时，宜经一级旋流浓缩后输送至贮存场，但宜与灰渣分别堆放，留有今后综合利用的可能性。如确实无利用的可能，而且灰也无利用的前景，可将脱硫石膏送至灰浆前池与灰一起排至灰场。由于石膏浆液呈酸性，而灰浆呈碱性，因此不会对输灰管道造成不利影响。