酸中毒池内的发酵料液严重偏酸，虽产气，但甲烷含量少，致使所产气体不能使用。处理方法：从池内取1/3~1/2的老料，加入相适应的新料，并投入适量的澄清石灰水，搅拌均匀即可。一般以兔粪作为原料的沼气池常出现酸中毒，因兔以青草和菜叶作饲料，兔粪呈酸性。
碱中毒是池内的发酵料液严重偏碱，不能正常产气。处理办法：从池内取出一部分老料，加入一部分带酸性的料，如青草落叶，使pH值达到7。碱中毒的原因是有的养猪户为了灭菌，在猪舍内撒入石灰水，使猪粪带碱入池引起的。
药物中毒无公害厕所喷杀、灭虫不当，可能会引起沼气池药性中毒，停止产气。处理方法：从池内取出1/2的老料，加入等量的无害新料，并向池内放入清水，加入一些菌种，使其达到适宜的酸碱度。